Возник как кишлак возле целебных источников, расположенных на горе Аюб-Тоо. Рядом с этими источниками стоит мазар над могилой(согласно местному преданию) одного из мусульманских святых Хазрет-Аюба Сабруллы(многострадальный), жившего на этой горе пять тысяч лет назад и исцелившегося от проказы за свою преданность Аллаху(Святой Иов — главный персонаж библейской книги Иова). Согласно этой легенде, излечившийся Хазрет Аюб ударами ног сначала создал два горячих источника, а после воткнул свой посох в червей, выпавших из его ран. Посох превратился в тутовое дерево, а черви, взобравшиеся на это дерево, превратились в коконы тутового шелкопряда. Жена Хазрет Аюба, Биби Рахим, стала прясть из коконов шелк. В честь нее назван один из источников, Кыз-Булак, в котором она по преданию обрела молодость. Паломники шли к этим источникам для поклонения и для лечения ревматизма, золотухи, малярии, и других кожных и желудочных болезней. В Средней Азии и на Ближнем Востоке есть еще несколько мазаров Святого Иова: в Бухаре, Сирии, Омане, Турции, и Ливане.

В начале XIX века здесь была построена крепость Кокандского ханства. Местные жители кишлака обслуживали паломников к святыми минеральным источникам и занимались сельским хозяйством, скотоводством, выращиванием риса, бахчевых и фруктов. С ростом населения кишлака в нём появились мастеровые (гончары, ремесленники), развивались кустарные мастерские, которые впоследствии дали начало небольшим перерабатывающим предприятиям. С приходом русских войск в регионе началось выращивание хлопка.

Официальной датой образования города считается октябрь 1877 года, год когда русские войска поставили форт у подножья Аюб-Тоо. Ко времени присоединения Ферганской долины к Российской империи Джалал-Абад не представлял из себя значительного поселения. Он не отмечен ни на карте Скайлера (1875 год), ни на карте Люсилина (1876 год), в отличие от соседнего посёлка Сузак, который в 1909 году превышал Джалал-Абад по населению.

Возвышение Джалал-Абада началось лишь после того, как в нём расположилась русская администрация Джаляль-Абадского участка Андижанского уезда Ферганской области. Население посёлка к 1909 году составило 1100 человек, в основном — узбеки. В 1903 году главой Джаляль-Абадской волости был мин-баши Камбар-Али (Ахматкул Камбар Алиев), подчинявшийся полковнику Корытову, главе Андижанского уезда.

В 1902 году русский офицер Н.Л. Корженевский при поддержке своего военного командования разработал и смонтировал две гелиотелеграфные станции для двусторонней связи Оша с Джалал-Абадом. На Джалал-Абадских минеральных источниках лечилось много военных и поэтому надёжная связь с уездным городом Ош была весьма необходима.

1 июня 1916 года в городе было открыто первое почтовое отделение.

В 1916 году в городе жило 6 тысяч жителей.